Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde akademik kariyerine devam edecek olan Prof. Boynukalın, "Asıl mesleğim üniversite öğretim üyeliği olmasına rağmen, Diyanet İşleri Başkanlığı'nın talebi ve Marmara Üniversitesi'nin uygun görmesiyle Ayasofya-i Kebir'deki şerefli makama görevlendirme ile geldim. İki gün önce, akademik/ilmi çalışmalarıma daha fazla vakit ayırabilmek için Ayasofya-i Kebir Camii Şerifi'ndeki baş imam hatiplik görevimden affımı ve görevlendirmemin sona ermesini istedim. Aldığım kararın bir diğer sebebi ise, milli iradeye karşı pervasızca yayınlanan malum bildiriyle ilgili yorumlarda yalan yanlış kıyaslamalara gidilerek, "Ayasofya İmamı konuşuyor da biz niye konuşmayalım" gibi hezeyanlara meydan vermemektir." dedi ve ekledi 86 yıl sonra yeniden cami olarak fethedilen bu mübarek mekanda ilk baş imam hatip olarak görev yapmamı takdir eden Yüce Mevla'ya sonsuz hamdü senalarımı arzediyor, bu göreve beni layık bulan idarecilerimize ve hassaten Kıymetli Cumhurbaşkanımıza çok teşekkür ediyorum. Bendeniz bu görevdeyken bildiğim kadarıyla, dilim döndüğünde İslam'ı anlatmaya çalıştım. Bunu yapmazsam Allah katında mesul olurum düşüncesiyle hareket ettim. Bu niyetin yarın Allah katında bana şahitlik edeceğini umuyorum. İslam'a ve Kur'an'a bir bütün olarak inanıp yaşamayı Rabbim hepimize nasip etsin. Bugüne kadar bana desteğini bildiren yahut düşüncelerime katılmayan bütün kardeşlerimden Allah binlerce kez razı olsun. Allah yar ve yardımcımız olsun."
AKP Grup Başkanvekili Özlem Zengin, Cumhurbaşkanlığı Yüksek İstişare Kurulu üyesi olan Cemil Çiçek ve grup başkanvekili Bülent Turan da Boynukalın'a tepki gösteren isimlerdi.
